尼哥底母来见耶稣时，耶稣对他说：“我实实在在地告诉你，人若不是从水和圣灵生的，就不能进上帝的国。”（约三5）圣经学者对这节经文，特别是当中提及的“水”，有很多不同的解释。有学者认为“水”是指基督教的洗礼，有认为这水只是指约翰或是犹太的洁净礼，亦有学者指水和圣灵都是同一个意思，水就是圣灵。无论学者怎样解释本节经文，教会中施行洗礼时多引用这节经文，表明水礼的重要性。
犹太人有洁净礼的举行，人在日常生活中容易接触了污秽的东西后，无论是参加圣殿的敬拜，宗教节期，甚或是在家中吃饭，也得先洁净。所以在家中有六口缸水准备作洁净之用（约二6）。水的洁净与圣灵的赐予是末世来临时的盼望（结三十六25-27）。初期的教会遵照耶稣的吩咐，为信的人施行洗礼（太二十八19）。洗礼也与圣灵的赐予有莫大的关系，圣灵在信徒接受洗礼时降临在他身上（徒十九5-6）。无论是犹太的洁净礼或是基督教的洗礼，均显出与圣灵有密切的关系，水或是水礼是圣灵工作的可见象征。
耶稣虽然提及水和圣灵的重生，但祂只继续论及圣灵的更新（约三8），显出圣灵工作的重要性。圣灵好像风，随着自己的意思吹（5-8节）。圣灵的工作与洗礼有关，但不受洗礼的限制。问题不在于人是否必定要接受洗礼才可重生，乃在于接受洗礼的人，如果没有圣灵的更新和洁净，这洗礼对人来说仍是没有意义。
不少信徒在相信时接受洗礼，看重这礼仪，有时更只看重自己的名字是否在洗礼册籍之中，但往往忽略圣灵更新的工作，和圣灵继续不断的更新和改变。耶稣所看重的是“从肉身生的就是肉身，从灵生的就是灵”（约三6）。
耶稣有没有替人洗礼，或许也是人盼望知道的。有人知道耶稣收了很多门徒，还替人洗礼，但是约翰解释说：“其实不是耶稣亲自施洗，乃是祂的门徒。”（约四1-2）约翰这样说，更显出耶稣看重人要作祂的门徒，比洗礼还重要呢！但愿我们接受洗礼时，也看重我们作耶稣门徒的身分。